Οι επιτροπές νησιών θα αποτελούνται από αποφοίτους και απόφοιτες των Τμημάτων που εδρεύουν στα αντίστοιχα νησιά του Ιδρύματος. Στόχος των Επιτροπών είναι η άμεση ενημέρωση του Συλλόγου σχετικά με τα ζητήματα που αντιμετωπίζουν οι απόφοιτοι και οι απόφοιτοι από τα αντίστοιχα Τμήματα, καθώς και η σύνδεση του Συλλόγου με την τοπική κοινωνία.
Αυτές ορίζονται από το ΔΣ μετά τις εκλογές που πραγματοποιούνται ανά δύο χρόνια και είναι επταμελείς.